Μετά τη μεταβατική περίοδο της σεζόν του 2002, όπου η Yamaha συμμετείχε στα MotoGP τόσο με δίχρονες όσο και τετράχρονες μοτοσυκλέτες, το 2003 είναι η χρονιά στην οποία χρησιμοποιούνται αποκλειστικά οι τετράχρονες. Η Yamaha συμμετέχει με την τετράχρονη YZR-M1 και αναβάτες τους Carlos Checa, Marco Melandri, Alex Barros, Olivier Jacque, Shinya Nakano και Norifumi Abe (spot entrant). Ο Barros λόγω τραυματισμού τελείωσε τη σεζόν στην 9η θέση με τον καλύτερό του τραυματισμό να είναι στην 3η θέση, στον 4ο γύρο της Γαλλίας. Ο Checa τερμάτισε 7ος γενικής και ο Nakano 10ος. Η YZR-M1 δεν κατάφερε καμία νίκη το 2003.

Τρίτος ο Barros στο Γαλλικό GP

Ο Barros ήταν ο μόνος αναβάτης της YZR-M1 με τερματισμό στο πόντιουμ τη σεζόν εκείνη. Η πτώση του στον εναρκτήριο γύρο είχε ως αποτέλεσμα τον τραυματισμό του και για το μεγαλύτερο μέρος της σεζόν δεν κατάφερνε να οδηγήσει ανεπηρέαστος από αυτό. Παρ’ όλα αυτά, στον 4ο γύρο που έλαβε χώρα στη Γαλλία, ο Barros κατάφερε την 3η θέση, σε δύσκολες συνθήκες βρεγμένου οδοστρώματος που οδήγησαν στην αναστολή του αγώνα. Επίσης είχε και τερματισμούς στην 5η και 6η θέση, και τελικά η σεζόν του 2003 τελείωσε χωρίς ο Barros να μπορέσει να δείξει τις πραγματικές του δυνατότητες.

Ο Checa τερμάτισε 9ος στον εναρκτήριο γύρο, ενώ στον αγώνα που ακολούθησε τερμάτισε 10ος. Λόγω βλάβης στη μοτοσυκλέτα δεν κατάφερε να συλλέξει πόντους, και οι γύροι 3 και 4 συνοδεύτηκαν από πτώσεις. Στην Καταλονία, ο Checa έχασε την τρίτη θέση για μόλις πέντε δέκατα του δευτερολέπτου, τερματίζοντας τέταρτος, ενώ το αποτέλεσμα αυτό επαναλήφθηκε στο GP της Ολλανδίας. Στον 10ο γύρο, στην Τσεχία, κατάφερε για τρίτη φορά να τερματίσει 4ος, όμως οι τρεις πρώτοι αγώνες, βαθμολογικά κενοί, τον έριξαν στην 7η θέση της γενικής κατάταξης.

Ο Nakano σημείωσε δύο διαδοχικούς τερματισμούς στην 5η θέση, στον 5ο και 6ο γύρο, οι καλύτεροι τερματισμοί του για τη σεζόν του 2003. Επίσης κατάφερε να συλλέξει πόντους από τους δύο τερματισμούς του στην 7η και τους τρείς στην 8η θέση. Ο Nakano ήταν από τους πιο συνεπείς αναβάτες της χρονιάς, καθώς ο μοναδικός γύρος από τον οποίο δεν κατάφερε να συγκεντρώσει πόντους ήταν ο τελευταίος.

Ο Melandri, ο παγκόσμιος πρωταθλητής στην κατηγορία των 250cc την προηγούμενη χρονιά, τo 2003 ενώνει τις δυνάμεις του με τη Yamaha. Χάνει τους πρώτους γύρους της σεζόν λόγω τραυματισμού, ενώ στην προσπάθειά του να μάθει τη νέα του μοτοσυκλέτα δεν κατάφερε να συγκεντρώσει πόντους στη βαθμολογία. Παρ’ όλα αυτά, αργότερα μέσα στη σεζόν, η αυτοπεποίθησή του αυξήθηκε και ο Melandri βρέθηκε να αγωνίζεται για τις πρώτες θέσεις. Ο καλύτερος τερματισμός τους ήταν αυτός στην 5η θέση στον 13ο γύρο, το GP του Ειρηνικού. Στον 15ο γύρο στην Αυστραλία, αν και ηγήθηκε του αγώνα, τελικά αναγκάστηκε να εγκαταλείψει λόγω πτώσης, η εμφάνισή του αυτή όμως ήταν αρκετή ώστε ο Melandri να θεωρηθεί ένας πολλά υποσχόμενος νέος rookie. Ο Abe συνέλεξε πόντους από τους πέντε αγώνες της σεζόν στους οποίους συμμετείχε και τελείωσε τη χρονιά στην 16η θέση της γενικής κατάταξης.

Φωτογραφίες