Παράλληλα με την παρουσίαση των νέων μοντέλων motocross για το 2016, η Yamaha παρουσίασε και επετειακές εκδόσεις για την επέτειο των 60 ετών από την ίδρυση της Yamaha Motor Company.

Τα νέα μοντέλα, είναι βαμμένα κίτρινα και έχουν αυτοκόλλητα στο μαύρο χρώμα με σχέδια speedblock, όπως είχαν οι παλιές αγωνιστικές μοτοσυκλέτες σε GP και motocross.
Οι εκδόσεις αυτές που αφορούν το YZ250F και YZ 450F, έχουν τις ίδιες αλλαγές με τα απλά μοντέλα, όπως αναφέρονται παρακάτω:

Το YZ450F έχει δεχθεί ηλεκτρονικό σύστημα εκκίνησης - Electronic Launch Control - LCS, για βελτίωση των εκκινήσεων, μεγαλύτερο δίσκο φρένου μπροστά, στα 270 χιλιοστά, αλλά και διαφορετικό χρονισμό βαλβίδων στον κινητήρα. Οι αναρτήσεις του έχουν δεχθεί νέες ρυθμίσεις, όπως και το πλαίσιο, έχει αλλαγές στην σχεδίαση για ευκολία στην οδήγηση. Η αλλαγή γεωμετρίας με νέο offset ολοκληρώνει την εικόνα για το 2016.
Το YZ250F που άλλαξε ολοκληρωτικά το 2015, διαθέτει και αυτό μεγαλύτερο δίσκο φρένου μπροστά στα 270 χιλιοστά, ελαφρύτερο έμβολο με επίπεδη κορώνα, αυξημένων προδιαγραφών μπιέλα, επανασχεδιασμένο στρόφαλο και μηχανισμό αντικραδασμικού, αλλά και νέες ρυθμίσεις στις αναρτήσεις που η Yamaha αναφέρει ως ''factory''.

Διαφέρουν ως προς τους χρωματισμούς, αλλά και την εξάτμιση τιτανίου της Akrapovic, το καπάκι δίσκων της GYTR, τις πλαστικές προστατευτικές χούφτες, αλλά και το Yamaha MX Power Tuner που έρχεται ως standard.